Membranlar üzerinde oluşan Kalsiyum, mantar, polimerler, silis, kum ve kirletici maddelerin membran yüzeylerindeki gözenekleri tıkaması sonucunda membranlar tam olarak görevini göremez. Bu nedenle membranların açılıp tekrardan su geçişini sağlayıp arıtma işlemini yapması için membran yıkama sistemleri kullanılmaktadır.